O que é Data Science?

Data Science é um campo voltado para a análise de dados, identificação de padrões e construção de modelos preditivos. A sua finalidade é extrair informações úteis e insights para auxiliar no processo de tomada de decisão. Para a construção de modelos preditivos, utilizam-se normalmente modelos de Machine Learning como: Regressão Linear Regressão Logística Redes Neurais

O que faz um Cientista de Dados?

Cientista de Dados é o profissional que trabalha na área de Data Science . Interdisciplinar, atua em todas as etapas do projeto, desde a fase de aquisição, análise e tratamento dos dados, quanto na construção de modelos de Machine Learning , avaliação e deploy . Atualmente, é considerada por muitos como sendo a profissão do futuro , com demanda crescente por esse tipo de profissional.

Qual a linguagem mais usada em Data Science?

Atualmente, Python é a linguagem mais utilizada para Data Science . Entre os fatores que tornam o Python tão popular estão a curva de aprendizado, quantidade de pacotes disponíveis e alto engajamento da sua comunidade. Outras linguagems populares para Ciência de Dados são R (uma linguagem com aplicações em estatística) e Matlab.

O que é Machine Learning?

Machine Learning (Aprendizado de Máquina) é uma área dentro do campo da Inteligência Artificial que utiliza algoritmos capazes de aprender por meio de dados coletados. Suas aplicações são vistas em áreas como medicina, marketing digital, logística, análise de malware e até mesmo no setor espacial.

O que é Deep Learning?

Deep Learning (Aprendizado Profundo) é uma área dentro do Machine Learning , que se tornou possível graças à explosão na disponibilidade de dados e no aumento do poder computacional. Usando redes neurais profundas (com diversas camadas), Deep Learning é considerada hoje como sendo o estado-da-arte para inúmeras aplicações, tendo se destacado em carros autônomos e detecção de doenças.

Sigmoidal › Machine Learning para a Detecção de Câncer de Mama

A utilização de Machine Learning para a detecção do câncer de mama vem crescendo cada vez mais e contribuindo para diagnósticos mais rápidos e precisos.

De acordo com a Sociedade Brasileira de Mastologia, uma em cada 12 mulheres terá um tumor nas mamas até os 90 anos. Infelizmente, o câncer de mama é a principal causa de morte entre as mulheres, de todos os diferentes tipos de câncer.

Uma das principais características do câncer de mama é que quanto mais precoce for o seu diagnóstico, maiores são as chances de tratamento. Entretanto, uma pesquisa realizada revelou que mais de 3,8 milhões de mulheres na faixa de 50 a 69 anos nunca haviam feito autoexame ou mamografia.

A fim de aumentar a conscientização a respeito da prevenção e diagnóstico precoce, há, todo ano, a campanha Outubro Rosa, que visa alertar principalmente as mulheres sobre esta causa.

https://github.com/carlosfab/data_science/blob/master/Machine_Learning_para_a_Detec%C3%A7%C3%A3o_do_C%C3%A2ncer_de_Mama.ipynb

Contribuindo com essa conscientização e com a campanha Outubro Rosa, preparei um projeto de Data Science onde construí um modelo de Machine Learning capaz de detectar o câncer de mama. Para acessar o código fonte deste arquivo, basta clicar no botão acima.

Se você está começando na carreira de Cientista de Dados, recomendo também baixar gratuitamente meu eBook 🙂

Importar os Dados

Para a construção do modelo de Machine Learning, foi usado o banco de dados Wisconsin, disponibilizado no Repositório de Machine Learning da UCI.

Os dados que serão utilizados nesta análise também estão disponíveis para download por meio deste link direto e consistem basicamente em um arquivo csv contendo 569 entradas e 32 colunas, onde as observações foram obtidas por meio da aspiração com agulha fina de células da mama. Ressalta-se ainda que a variável alvo pode ser classificada em benigna ou maligna.

Este arquivo será importado para uma estrutura DataFrame utilizando a biblioteca pandas a fim de possibilitar sua manipulação e análise.

# importar os pacotes necessários
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns
from xgboost import XGBClassifier
from sklearn.model_selection import train_test_split
from sklearn.metrics import accuracy_score
from sklearn.impute import SimpleImputer

# configurar o notebook
sns.set_style()

# importar o dataset em csv 
data_path = "https://www.dropbox.com/s/z8nw6pfumdw3bb9/breast-cancer-wisconsin.csv?raw=1" 
df = pd.read_csv(data_path)

# eliminar uma coluna com erro
df.drop('Unnamed: 32', axis=1, inplace=True)

# importar os pacotes necessários

import pandas as pd

import matplotlib.pyplot as plt

import seaborn as sns

from xgboost import XGBClassifier

from sklearn.model_selection import train_test_split

from sklearn.metrics import accuracy_score

from sklearn.impute import SimpleImputer

# configurar o notebook

sns.set_style()

# importar o dataset em csv

data_path = "https://www.dropbox.com/s/z8nw6pfumdw3bb9/breast-cancer-wisconsin.csv?raw=1"

df = pd.read_csv(data_path)

# eliminar uma coluna com erro

df.drop('Unnamed: 32', axis=1, inplace=True)

Análise Exploratória

A primeira coisa que faremos após importar o dataset será examinar as dimensões do DataFrame e as primeiras entradas. Isso possibilitará criar uma consciência situacional inicial a respeito do formato de entrada e da estrutura geral dos dados.

A coluna id representa o número de identificação.
A coluna diagnosis é a variável alvo.
- M – Maligno
- B – Benigno
A descrição completa para cada uma das features está disponível neste link.

Uma característica é um número de identificação (ID), outro é o diagnóstico de câncer; e 30 são medidas laboratoriais numéricas. O diagnóstico é codificado como “M” para indicar maligno ou “B” para indicar benigno.

# dimensões do df
print("DIMENSÕES DO DATAFRAME:")
print("Linhas:\t\t{}".format(df.shape[0]))
print("Colunas:\t{}".format(df.shape[1]))

## DIMENSÕES DO DATAFRAME:
## Linhas:	569
## Colunas:	32

# dimensões do df

print("DIMENSÕES DO DATAFRAME:")

print("Linhas:\t\t{}".format(df.shape[0]))

print("Colunas:\t{}".format(df.shape[1]))

## DIMENSÕES DO DATAFRAME:

## Linhas: 569

## Colunas: 32

Já as primeiras 5 entradas desse conjunto de dados permitem adquirirmos uma noção inicial sobre o tipo de formato, exemplos de entrada e formulação das hipóteses iniciais do processo investigativo.

Por meio do método describe, é possível ver um resumo estatístico das variáveis numéricas.

Com exceção da coluna diagnosis, todas as outras são do tipo numérica (int e float). Apesar dessa ser a nossa conclusão olhando as primeiras entradas, é prudente analisar por meio do atributo dtypes para ter certeza que nenhuma foi importada como string.

Como em qualquer projeto de Data Science, a verificação da presença de valores ausentes no dataset é de extrema importância, pois é o reflexo direto da qualidade do mesmo. Para ver essas informações integralmente, acesso o código completo neste Jupyter notebook.

Agora, irei verificar o balanceamento do dataset vendo a porcentagem de valores da variável alvo. Como se pode ver abaixo, existe um pequeno desbalanceamento de valores.

Para ter a noção de como as variáveis estão distribuídas, vou plotar o histograma de todas as variáveis numéricas, excluindo a coluna id, uma vez que ela não acrescenta nenhuma informação importante.

Preste sempre atenção em como os valores de algumas variáveis estão mais bem distribuídos em torno de uma média, e outras tendem a puxar o histograma para a esquerda.

Machine Learning para a Detecção do Câncer de Mama

Para ver a força da correlação entre as variáveis, uma opção é plotar um heatmap. Repare no mapa abaixo como diversas variáveis possuem correlação positiva.

Preparação dos dados

Como parte do pré-processamento dos dados, que irão alimentar o modelo de Machine Learning, vou usar o StardardScaler, que vem junto com sklearn.preprocessing, para padronizar nossos dados numéricos.

Se você olhar no começo do código, vai reparar que a nossa variável alvo é categórica, onde M representa os tumores malignos e B os benignos. Usando LabelEncoder somos capazes de converter variáveis categóricas em numéricas e alimentar o modelo adequadamente.

from sklearn.preprocessing import StandardScaler
from sklearn.preprocessing import LabelEncoder
from sklearn.model_selection import train_test_split

# separar as variáveis independentes da variável alvo
X = df.drop(['diagnosis', 'id'], axis=1)
y = df['diagnosis']

# padronizar as colunas numéricas
X = StandardScaler().fit_transform(X)

# label encoder na variável alvo
y = LabelEncoder().fit_transform(y)

# dividir o dataset entre treino e teste
X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=0.3)

from sklearn.preprocessing import StandardScaler

from sklearn.preprocessing import LabelEncoder

from sklearn.model_selection import train_test_split

# separar as variáveis independentes da variável alvo

X = df.drop(['diagnosis', 'id'], axis=1)

y = df['diagnosis']

# padronizar as colunas numéricas

X = StandardScaler().fit_transform(X)

# label encoder na variável alvo

y = LabelEncoder().fit_transform(y)

# dividir o dataset entre treino e teste

X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=0.3)

Por fim, antes de construir o modelo de fato, dividimos o dataset entre treino e teste usando o train_test_split, função que facilita muito o trabalho e que se encontra em sklearn.model_selection.

Modelo de Machine Learning para detecção do câncer de mama

Este problema de detecção de câncer consiste em classificar corretamente um tumor entre benigno e maligno, ou seja, é necessário que o modelo de Machine Learning dê uma classificação ao ser alimentado com diversas variáveis independentes (features).

Aqui, usarei um modelo do tipo Random Forest (Floresta Aleatória) devido à sua flexibilidade e facilidade de uso (uma vez que funciona muito bem mesmo sem o ajuste nos hiperparâmetros).

from sklearn.ensemble import RandomForestClassifier

# instanciando o modelo de Random Forest
ml_model = RandomForestClassifier(n_estimators = 10, criterion='entropy', random_state = 42)

# treinando o modelo 
ml_model.fit(X_train, y_train)

from sklearn.ensemble import RandomForestClassifier

# instanciando o modelo de Random Forest

ml_model = RandomForestClassifier(n_estimators = 10, criterion='entropy', random_state = 42)

# treinando o modelo

ml_model.fit(X_train, y_train)

O algoritmo Random Forest, que usa métodos ensemble, tem esse nome por que cria uma combinação de várias árvores de decisão – uma “floresta” realmente – verificando qual combinação apresenta melhor desempenho e acurácia.

Vamos dar uma checada no desempenho do modelo quando se depara pela primeira vez com o conjunto de testes.

Desempenho do modelo de detecção de câncer de mama

Cada caso é um caso. Nem sempre uma excelente acurácia vai significar que seu modelo está bom.

Por exemplo, quando se trata de detectar câncer, queremos maximizar o número de verdadeiros positivos e minimizar o número de falsos negativos. No entanto, esta é uma balança difícil de equilibrar, e o trade-off pode ser bem subjetivo inclusive.

Aqui, além da métrica de acurácia vou usar a função classification_report para ver ver o desempenho do modelo sobre as métricas de precisão, recall, f1-score e support.

from sklearn.metrics import classification_report
from sklearn.metrics import accuracy_score
from sklearn.metrics import confusion_matrix

# realizar as previsões no dataset de teste
y_pred = ml_model.predict(X_test)

# ver acurácia geral
print('[Acurácia] Random Forest:', accuracy_score(y_test, y_pred))

# imprimir o classification report
print('\n[Classification Report] Random Forest')
print( classification_report(y_test, y_pred))

from sklearn.metrics import classification_report

from sklearn.metrics import accuracy_score

from sklearn.metrics import confusion_matrix

# realizar as previsões no dataset de teste

y_pred = ml_model.predict(X_test)

# ver acurácia geral

print('[Acurácia] Random Forest:', accuracy_score(y_test, y_pred))

# imprimir o classification report

print('\n[Classification Report] Random Forest')

print( classification_report(y_test, y_pred))

Aparentemente, o modelo está com ótimos valores nas métricas consideradas. Mas como eu disse lá em cima, cada caso é um caso.

Eu acho muito interessante você sempre dar uma checada na matriz de confusão. Para exemplificar, imagine que seu modelo é capaz de detectar com 99,999% de acurácia sempre que um paciente não apresenta um tumor maligno, mas apenas 85% de acurácia quando prevê que o mesmo paciente apresenta esse tumor maligno.

Há vezes em que é melhor ter mais falsos positivos e investigar mais profundamente o caso (como também é o caso de fraudes no cartão de crédito), e ter um modelo menos preciso.

# plotar a matriz de confusão
pd.DataFrame(confusion_matrix(y_test, y_pred),
             index=['neg', 'pos'], columns=['pred_neg', 'pred_pos'])

# plotar a matriz de confusão

pd.DataFrame(confusion_matrix(y_test, y_pred),

index=['neg', 'pos'], columns=['pred_neg', 'pred_pos'])

Como você pode confirmar, o modelo classificatório Random Forest para a detecção de câncer de mama foi capaz de atingir uma acurácia superior a 96% e lidou muito bem com ambas as classes.

Outubro Rosa e Machine Learning

Apesar da campanha Outubro Rosa ser em Outubro, a conscientização deve existir durante o ano todo. A importância de um dianóstico precoce do câncer de mama deve estar clara na cabeça de todo mundo.

Avanços e descobertas no campo da Inteligência Artificial ocorrem a todo momento, principalmente na área da saúde. Detecção de câncer por meio de algoritmos de Machine Learning ajuda cada vez mais os médicos a diagnosticarem seus pacientes, aumentando drasticamente as chances dos tratamentos convencionais.

No entanto, mesmo a construção de modelos altamente confiáveis para a detecção de câncer de mama não substitui uma variável, a principal feature, o diagnóstico precoce 😉

Espero ter contribuido um pouco com a causa, apresentando um modelo 100% replicável por qualquer pessoa (basta abrir o código no Google Colab e executar cada linha.

Sinta-se à vontade para modificar, expandir e melhorar esse modelo. Abraços!

TAGS: cancer câncer de mama data science data science na prática detecção de câncer healthcare machine learning medicina python random forest seaborn sklearn